地面水常常受到土壤、工業廢水、生活污水及各種雜質的污染，促使細菌滋生，有時每毫升水中細菌數可達幾萬乃至幾十萬個；在有的水域里，大腸桿菌甚至達數萬個以上。雖然在水處理的過程中，經過混凝、沉淀(或澄清)、過濾等的凈化過程，粘附在懸浮物上的大部分細菌、大腸桿菌、病原菌和其他一些微生物也一同被除去。但是，并不徹底，還存在一定量的對人體有毒害的微生物。

為了保障人的健康，防止疾病的傳播，還必須進行水的消毒，以殺滅水中的病毒。我國“生活飲用水水質標準”中規定，在水樣中細菌總數不超過100個／mL。總大腸菌群或糞大腸菌群每lOOmL水樣中均不得檢出。

為此，在混凝澄清過濾之后還需進行消毒。在工業冷卻水處理中，為了防止循環水產生生物黏泥，要控制循環水中的異養菌數不超過1X105個／mL，因此，對于作為循環水系統補充水的過濾水，亦需要進行消毒殺菌處理。在除鹽水處理系統，為了防止離子交換樹脂受到細菌的污染，也需要對其原水進行消毒殺菌。此外，消毒還可以除去水的色度。